1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
2. กลุ่มนโยบายการขับเคลื่อนและพัฒนาอุดมศึกษา วิจัยและนวัตกรรม
3. กลุ่มพัฒนาสถาบันอุดมศึกษาเอกชน
4. กลุ่มเสริมสร้างธรรมาภิบาลและระบบบริหารจัดการ
5. กลุ่มขับเคลื่อนและพัฒนา อววน. 1
6. กลุ่มขับเคลื่อนและพัฒนา อววน. 2
7. กลุ่มขับเคลื่อนและพัฒนา อววน. 3