สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มีภารกิจเกี่ยวกับการพัฒนายุทธศาสตร์ และแปลงนโยบายของกระทรวงเป็นแผนปฏิบัติ จัดสรรทรัพยากร และบริหารราชการประจำทั่วไปของกระทรวง เพื่อการบรรลุเป้าหมายและเกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของกระทรวงโดยมีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1 ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำข้อมูล เพื่อใช้ในการกำหนดนโยบาย เป้าหมาย และผลสัมฤทธิ์ของกระทรวง
2 พัฒนายุทธศาสตร์การบริหารของกระทรวง
3 แปลงนโยบายเป็นแนวทางและแผนการปฏิบัติงาน
4 จัดสรรและบริหารทรัพยากรของกระทรวงเพื่อให้เกิดการประหยัดคุ้มค่าและสมประโยชน์
5 กำกับ เร่งรัด ติดตามและประเมินผล รวมทั้งประสานการปฏิบัติราชการของส่วนราชการในสังกัดกระทรวง
6 พัฒนาระบบเทคโนโลยีสารสนเทศ เพื่อใช้ในการบริหารงานและการบริการของหน่วยงานในสังกัดกระทรวง
7 ดูแลงานประชาสัมพันธ์ การต่างประเทศ และพัฒนาปรับปรุงกฎหมายที่เกี่ยวข้องให้ทันสมัย
8 ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานปลัด กระทรวงหรือตามที่กระทรวงหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย
การแบ่งส่วนราชการ ตามกฎกระทรวงการแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี พ.ศ. 2545 แบ่งส่วนราชการออกเป็น 4 สำนัก ดังนี้
        (1) สำนักบริหารกลาง
        (2) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
        (3) สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์
        (4) สำนักส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยี

1. สำนักบริหารกลาง

        สำนักบริหารกลาง   มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1 ดำเนินการเกี่ยวกับบริหารงานทั่วไปของสำนักงานปลัดกระทรวง รวมถึงงานช่วยอำนวยการ ดำเนินการเกี่ยวกับกฎหมาย งานนิติกรรมและสัญญา งานเกี่ยวกับความรับผิดทางแพ่ง อาญา งานคดีปกครอง และงานคดีอื่นที่อยู่ใน อำนาจของกระทรวง รวมทั้งงานให้คำปรึกษาแนะนำทางกฎหมายแก่หน่วยงานในสังกัด
2 ดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาองค์การและจัดระบบงาน
3 ดำเนินการเกี่ยวกับการเงิน การบัญชี การงบประมาณ การพัสดุ อาคารสถานที่ และยานพาหนะของสำนักงานปลัดกระทรวงและของกระทรวง
4 ดำเนินการเกี่ยวกับการบริหารงานบุคคลและการเสริมสร้างวินัยและระบบ คุณธรรม
5 ประชาสัมพันธ์และเผยแพร่กิจกรรมและการปฏิบัติราชการของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
6 บริหารงานทั่วไปของสำนักงานปลัดกระทรวงและของกระทรวง ซึ่งมิได้กำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการใดในสังกัดกระทรวงโดยเฉพาะ
7 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

2. ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร

        ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร  มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1 จัดทำแผนแม่บทและแผนปฏิบัติการเทคโนโลยีสารสนเทศของกระทรวงและ สำนักงานปลัดกระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
2 พัฒนาและบริหารจัดการเกี่ยวกับการใช้เทคโนโลยีสารสนเทศ สนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัดกระทรวง
3 พัฒนาระบบงานคอมพิวเตอร์และเครือข่าย รวมทั้งให้คำ ปรึกษา แนะนำ หรือฝึกอบรมการใช้คอมพิวเตอร์ และการใช้โปรแกรม
4 เป็นศูนย์ประสานงานเครือข่ายข้อมูลสารสนเทศของกระทรวง
5 เป็นศูนย์ประมวลผลข้อมูลกลางของหน่วยงานและข้อมูลดัชนี ชี้แนะ การบริการด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีภายในประเทศ สนับสนุนเทคนิคทางวิชาการ เกี่ยวกับการประมวลผลและสื่อสารข้อมูล ตลอดจนการบริการเผยแพร่ข้อมูลข่าวสารของหน่วยงาน
6 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยว ข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

3.สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์

        สำนักนโยบายและยุทธศาสตร์ มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1 ศึกษา วิเคราะห์ จัดทำข้อมูลในการกำหนดนโยบาย แผนกลยุทธ์ แผนงาน โครงการ รวมทั้งจัดทำและประสานงานแผนการปฏิบัติงานของกระทรวง
2 จัดทำและพัฒนาแผนยุทธศาสตร์ ประสานนโยบายและแผนไปสู่การปฏิบัติให้สอดคล้องกับนโยบายและแผนแม่บทของกระทรวง รวมทั้งเร่งรัด
ติดตามและประเมินผลความก้าวหน้าในการปฏิบัติงานของหน่วยงานในสังกัด
3 บริหารแผนงาน แผนเงิน และแผนคน รวมทั้งติดตามตรวจสอบการใช้ทรัพยากรเพื่อให้มีการจัดสรร การเกลี่ยและประสานระหว่างส่วนราชการให้เกิดความ ประหยัดคุ้มค่าและสมประโยชน์
4 ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนากำลังคนและนักวิชาชีพด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
5 จัดทำระบบดัชนีด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีของกระทรวง
6 ส่งเสริมและสนับสนุนงานด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี โดยสร้างความ ร่วมมือกับองค์กรและหน่วยงานระหว่างประเทศในระดับกระทรวง รวมทั้งติดตามและประสานความร่วมมือช่วยเหลือกับองค์การหรือหน่วยงานต่างประเทศ
7 ติดตามและประสานความร่วมมือกับหน่วยงานต่าง ๆ ทั้งภาครัฐ ภาคเอกชน และภาคประชาชน
8 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือ ที่ได้รับมอบหมาย

4. สำนักส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยี

        สำนักส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยี มีอำนาจหน้าที่ ดังต่อไปนี้

1 ส่งเสริมและเผยแพร่องค์ความรู้ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
2 วิเคราะห์และประเมินเทคโนโลยี โดยการคัดเลือก จัดลำดับและประเมินความ เหมาะสมของเทคโนโลยี รวมทั้งจัดทำฐานข้อมูลเทคโนโลยีเพื่อการจัดทำแผน ส่งเสริมพัฒนาและถ่ายทอดเทคโนโลยี
3 ส่งเสริมและสนับสนุนปัจจัยที่เอื้อต่อการพัฒนาเทคโนโลยีในระดับพื้นฐาน สู่เชิงพาณิชย์
4 ประสานความร่วมมือกับองค์กรด้านการส่งเสริมและถ่ายทอดเทคโนโลยีทั้ง ภายในและต่างประเทศ
5 ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นเกี่ยวข้องหรือที่ ได้รับมอบหมาย