–  สำนักอำนวยการ
–  สำนักส่งเสริมและพัฒนาสมรรถนะบุคลากร
–  สำนักประสานและส่งเสริมกิจการอุดมศึกษา
     -- เงินทุนหมุนเวียนฯ
–  สำนักนโยบายและแผนการอุดมศึกษา
–  สำนักมาตรฐานและคุณภาพอุดมศึกษา
–  สำนักยุทธศาสตร์อุดมศึกษาต่างประเทศ
–  สำนักส่งเสริมและพัฒนาศักยภาพนักศึกษา
–  สำนักนิติการ
–  สำนักติดตามและประเมินผลอุดมศึกษา
–  กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
–  กลุ่มตรวจสอบภายใน
–  สำนักงานบริหารเทคโนโลยีสารสนเทศเพื่อพัฒนาการศึกษา (UniNet)
–  โครงการมหาวิทยาลัยไซเบอร์ไทย (TCU)
–  สถาบันคลังสมองของชาติ