สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบในการศึกษา วิเคราะห์ วิจัย ปัญหาและแนวทางการพัฒนาการอุดมศึกษาและจัดทำข้อเสนอนโยบายและมาตรฐานการอุดมศึกษา จัดทำแผนพัฒนาการอุดมศึกษาให้สอดคล้องกับความต้องการตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และแผนการศึกษาแห่งชาติและพันธสัญญาที่เป็นไปตามข้อเสนอตกลงระหว่างประเทศ พร้อมทั้งวิเคราะห์ หลักเกณฑ์ และแนวทางการสนับสนุนทรัพยากร จัดตั้ง จัดสรรงบประมาณอุดหนุนสถาบันอุดมศึกษาและวิทยาลัยชุมชนตามหลักเกณฑ์และแนวทางที่กำหนด ตลอดจนเสนอแนะการจัดตั้ง ยุบ รวม ปรับปรุงและยกเลิกสถาบันอุดมศึกษาและวิทยาลัยชุมชน นอกจากนี้ สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษายังมีหน้าที่ประสานและส่งเสริมการดำเนินงานพัฒนาทรัพยากรมนุษย์และสักยภาพนักศึกษา รวมทั้งผู้พิการ ผู้ด้อยโอกาส

ในระบบอุดมศึกษา และการประสาน ส่งเสริมสนับสนุนการวิจัยเพื่อสร้างองคืความรู้ใหม่ และเพื่อสนับสนุนการพัฒนาประเทศ รวมทั้งพัฒนาระบบและดำเนินการติดตาม ตรวจสอบและประเมินผลการจัดการอุดมศึกษา และการรวบรวมข้อมูล จัดทำสารสนทเศด้านการอุดมศึกษา และดำเนินงานฝ่ายเลขานุการคณะกรรมการการอุดมศึกษาและคณะกรรมการข้าราชการผลเรือนในสถาบันอุดมศึกษา ตลอดจนปฏิบัติงานอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา หรือตามที่กระทรวงหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย

โครงสร้างการแบ่งส่วนราชการสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

  1. สำนักอำนวยการ (สอ.)
  2. สำนักนโยบายและแผนการอุดมศึกษา (สนผ.)
  3. สำนักประสานและส่งเสริมกิจการอุดมศึกษา (สสอ.)
  4. สำนักมาตรฐานและคุณภาพอุดมศึกษา (สมอ.)
  5. สำนักยุทธศาสตร์อุดมศึกษาต่างประเทศ (สยต.)
  6. สำนักส่งเสริมและพัฒนาศักยภาพอุดมศึกษา (สพน.)
  7. สำนักส่งเสริมและพัฒนาสมรรถนะบุคลากร (สพบ.)
  8. สำนักติดตามและประเมินผลอุดมศึกษา (สตป.)*
  9. สำนักนักนิติการ (สนก.)*

    *หน่วยงานภายในที่จัดตั้งขึ้นใหม่